即將卸任的副總統吳敦義直指美豬開放進口等案件，是蔡英文在520上任後立即必須面對的挑戰；同時，準農委會主委曹啟鴻也在媒體上表達，開放含有瘦肉精的美國豬肉進口，已經超越農委會自身的職權，是必須由行政院召集各部會全面考量的國家政策；在台灣申請加入跨太平洋戰略經濟夥伴關係協議（TPP）的談判中，開放美國豬肉進口，似乎已經成為TPP談判的前提之一了。
美國豬肉進口的談判的確是立即挑戰新政府的指標案件，處理不好，台灣又會重回多年來民粹操弄、缺乏理性辯證、公共政策決策品質粗糙且遭到政治力量扭曲的惡性循環。蔡英文以及林全內閣，既然已經在行政院與立法院「完全執政」，就必須越過黨派利益與小團體綁架的障礙，以全民福祉最大化的高度，展現新政府帶領全國向上提升的格局，這個挑戰，是蔡英文政府最重要的起身砲、試金石。
美國豬肉、以及牛肉的進口，表面上是關係國民健康的議題，實際上過去十幾年來，一直被政治化操作，淪為黨派立場鬥爭、以及貿易保護的手段。從2003游錫堃內閣時期，因為美國出現狂牛症而禁止美國牛肉進口，2006年蘇貞昌內閣任內，重新開放部分美國牛肉進口，並且公告禁止含萊克多巴胺在內等四類瘦肉精的牛肉；馬英九總統任內擴大開放美牛進口，2012年因為美國再度出現狂牛症，當年民進黨堅持「零檢出」立場，佔據立法院議場主席台五天四夜，以阻止國民黨通過美牛進口案，迫使國民黨立院黨團提議召開臨時會，專只審查美牛進口案，以人數優勢通過。而在美國牛肉開放進口的政治攻防戰中，民進黨持續堅持牛豬分離的立場，堅拒含有瘦肉精的美國豬肉進口。
一向對台灣友善的前美國在台協會台北辦事處長司徒文，在美牛爭議的期間也曾經公開表示，以瘦肉精檢出做為禁止美牛進口的爭議，「是台灣實施報貿易保護的具體象徵」，是台美重啟自由貿易協定談判的障礙，更阻礙了台灣加入TPP的期望。
然而，進行了長達十三年的慘烈鬥爭的結果，並沒有真正保護到國民健康，更未能達成保護本土產業發展的企圖。實際上開放美牛進口的前後，從未具體證實因為吃到美國牛肉而導致健康問題的案件，而藉由瘦肉精來禁止美國豬肉進口、意圖貿易保護，也證明只是空想的幻夢。
