薩國政府自2014年1月6日起於薩國邊境之La Hachadura等隘口、薩爾瓦多國際機場空港及Acajutla、La unio港口，開始實施貨物X光掃瞄通關制度，並徵收每批貨物18美元費用，造成國內及鄰近各國政府及業者不滿，引起中美洲整合體（SIECA）、中美洲各國官方及民間關注，SIECA並指出薩國政府收取該費用，有違法令。該X光掃瞄儀器設備為薩國海關現代化計畫之一部分，架設該等儀器所需資金約為3,000萬美元。
2015年9月18日薩國國會通過「海關簡化法」第124號第12-B章法令修正案，同意自2016年1月1日起有條件免除海關貨物X光掃瞄通關費用。
免Ｘ光掃描費之進出口貨品分別為：
（1）進出口貨品申報價格低於1,000美元。
（2）派駐薩爾瓦外交官員貨品。
（3）一般行李。
（4）其他公約或法令規定免課徵貨品。
（5）轉口貨品。
（6）自由貿易區、海關監管倉庫及保稅區貨品。
（7）無承載貨物之私人車輛或其他交通工具。
